懷孕期間能做DNA鑑定，可以根據懷孕時間的不同，相應選擇胚胎絨毛DNA鑑定、羊水穿刺DNA鑑定、無創DNA鑑定等。
在懷孕早期想要做胎兒DNA親子鑑定，可在懷孕7周左右抽取胚胎的絨毛進行基因鑑定，這是進行親子鑑定最早的方法，但這種方法並不能保證100%的準確，因胎兒絨毛膜樣本是從母體中提取，操作不當可能會有母親的DNA成分。孕早期胎兒着牀不穩定，進行DNA鑑定有導致流產的風險。
一般在懷孕16周左右，可抽取羊水進行鑑定。因懷孕16周時胎兒比較穩定，抽取2-4毫升的羊水不會對胎兒造成損傷，安全係數較高，通過羊水鑑定DNA的精準性也非常高。
懷孕12-22周時，還可抽取孕婦的靜脈血作爲檢測標本，提取胎兒遊離的DNA信息，與男性DNA進行比對，也可進行DNA親子鑑定，這種鑑定方法屬於無創DNA鑑定，對孕婦和胎兒都沒有傷害。
