常見引起灰指甲的真菌約有十餘種，每種真菌都可能產生很多種毒素。所有真菌可產生的毒素可達百餘種，其中許多毒素毒性極強且可能致癌。如黃麴黴菌分泌的黃麴黴毒素的毒性比劇毒藥氰化鉀還要毒，極易致癌。
灰指甲可能導致手指、腳趾畸形，嚴重者可能導致手、腳功能障礙，嚴重影響日常生活。特別是糖尿病人，腳趾甲的感染可能導致嚴重的糖尿病足，導致足末端壞死，最終必須截肢。
灰指甲可能作爲傳染源而引起其他皮膚感染，造成手足癬、體癬、股癬、丹毒等嚴重的皮膚病。甲真菌還可以侵入內部器官，引起其他組織器官感染。女性灰指甲患者可能患黴菌性陰道炎，嚴重威脅健康。
總之，灰指甲這種疾病可能會導致指甲病變，要積極的治療。
