急性腸結腸炎和慢性結腸炎雖然同屬於結腸炎，但是其區別較大，不僅發病誘因不同，病程持續時間不同、病變也有很大的差異性。
1、發病誘因不同：急性結腸炎發病主要是由於不良的飲食習慣、細菌、病毒等致病菌感染或者是其他理化性因素刺激引起的急性病症；而慢性結腸炎則主要是由於急性結腸炎未及時治療，病情反覆發作發展而來。
2、病程不同：急性結腸炎發病時病程較短，發病較急，其發病時間通常在3-7天左右；慢性結腸炎，有獨特的發病誘因，病程持續時間較長。若是患者病情比較輕微，通常病程持續時間在7-15天左右，病情較嚴重者病程持續時間可達到15-25天左右。
3、病變不同：急性結腸炎在發作期間，其主要症狀爲腹痛、腹瀉、便祕、便血、脫水，嚴重時有些患者甚至會出現心率過快、貧血等其他症狀。而慢性結腸炎除了具有急性結腸炎相關症狀外，隨着病程深入還伴有其他明顯性症狀，有部分患者會出現中毒性結腸擴張、腸穿孔、腸出血，病程持續加重，未及時改善，甚至合併有直腸癌、結腸癌、小腸炎、心肌炎、栓塞性血管炎等其他併發症。
