連花清瘟膠囊通常不能跟雙黃連同服，因爲兩者功效基本一致，都有清熱解毒、疏風解表作用，都用來治療風熱犯肺引起來的感冒，比如見到鼻塞、流黃膿鼻涕、發熱比較重、怕冷、口乾、咽喉腫痛、咳嗽、咳黃黏痰、小便黃、大便幹、舌紅、苔薄黃等風熱感冒引起的症狀，兩者藥物都可以用來治療。
此外，兩者成分當中有兩味藥完全一樣，即連翹、金銀花，都具有清熱解毒功效。如果出現了風熱感冒，用其中一種藥物就可以，不可以兩種同用。如果用太多清熱解毒藥，反而可能會傷害脾胃，出現腹痛、腹瀉等消化道症狀，反而不於疾病痊癒。
