小兒病毒性心肌炎的檢查首先第一個要做心電圖，但是心電圖沒有特異性，不是說在心電圖出現了異常的情況就是心肌炎，心肌炎可以出現各種心律失常和心肌的損害，心肌損害主要是T波的改變和st-T段的改變，這是心電圖上；另外超聲心動圖，超聲心動圖主要是看房室大小；另外就是看心室的收縮功能，再一個就是看看有沒有心包積液，另外心臟的生化檢查，生化檢查第一個就是心肌酶的改變，磷酸肌酸激酶和乳酸脫氫酶的同工酶；另外就是肌鈣蛋白的改變，如果肌鈣蛋白有升高的話就提示有心肌炎，特異性是比較高的，但是敏感程度不高；還有另外病毒學的檢查，病毒學的檢查就是說在體液，比如咽部的液體、血液裏邊還有糞便裏頭分離病毒，或者用探針，探取特異性的病毒的核酸，另外還有急性期和恢復期，雙份血清的特異性的抗體，滴度有四倍增高就可以確診，另外還有心肌組織的活組織檢查，就是診斷病毒性心肌炎的金指標，但是取材比較困難，家長的依從性比較低，在心肌上取一塊組織家長一般都是很難配合的，所以這個診斷病毒性心肌炎之所以比較困難，金指標很難完成。
