近年來，偏頭痛與癲癇的關係引起了廣泛關注。據調查， 2%-3% 的偏頭痛患者有癲癇家庭史， 6%-8% 的偏頭痛患者有癲癇發作。有人認爲兒童偏頭痛可以點燃癲癇，還有人提出偏頭痛與小兒良性癲癇有一定關係。
在臨牀上，偏頭痛與某些癲癇類型，特別是自主神經性癲癇有許多相似之處，如都具有發作性，都可有先兆、噁心、嘔吐、頭痛、腦電圖異常等。儘管如此，二者在病理生理及發病機制中都截然不同，應該加以區別，其鑑別要點如下：
1、偏頭痛多有該病陽性家族史，而癲癇一般無偏頭痛陽性家族史。
2、 頭痛性癲癇多急驟發病，以顳部及額部多見，常爲雙側性，伴有其他自主神經症狀。偏頭痛發生相對緩慢，多有觸發因素，典型者先兆之後出現一側搏動性跳動。
3、 偏頭痛與癲癇均可有腦電圖異常，但癲癇多爲陣發性癇性放電波，如棘波、棘 - 慢波綜合等。而偏頭痛間歇期的腦電圖雖可有局竈性慢波和中顳尖波，但出現在頭痛同側，且入睡後往往消失。這與癲癇的典型尖波並出現在頭痛對側不同。偏頭痛在發作期腦電圖沒有改變或顯示背景波節律減慢，而癲癇卻有明顯的癇性放電。
4、試驗治療：有些患兒確實鑑別困難，可試用抗偏頭痛的藥物治療。
