由於新生兒免疫功能不健全，一旦感染乙型肝炎病毒，90%左右就會感染慢性乙型肝炎病毒。因此，新生兒應在出生後24小時內及時接種乙型肝炎疫苗。但是，在我國偏遠地區，醫務人員和家長24小時內接種疫苗的概念不清楚，疫苗注射不及時。有些人認爲在孩子出生24小時後接種疫苗是不正確的。應該一出生就打，越早越好。
自我國實施計劃免疫以來，人羣乙型肝炎病毒攜帶率明顯下降，特別是5歲以下兒童乙型肝炎表面抗原攜帶率已經實現了中國乙型肝炎預防計劃的控制目標。
對於仍有少數新生兒感染乙型肝炎病毒的情況，專家建議新生兒的乙型肝炎疫苗劑量最好從5微克增加到10微克，確保新生兒在0、1、6個月內接種，即孩子剛出生時、1個月、6個月內分別接種乙型肝炎疫苗。乙型肝炎病毒可以通過胎盤和生產道傳播給嬰兒，也可以通過哺乳、餵養等方式傳播給嬰兒，對於母親乙型肝炎表面抗原陽性的孩子，出生時應該用乙型肝炎免疫球蛋白和乙型肝炎疫苗聯合免疫，然後1個月和6個月後分別接種乙型肝炎疫苗。
