在綜合醫院，消化不良伴有燃燒、上腹不適的患者可佔門診病例的2%~5%，其中一半以上的患者暫時無法確診。此時，醫生可能會根據消化性潰瘍進行治療。有些患者也可能自己抗消化性潰瘍的藥物。
目前常用於消化性潰瘍的藥物有西米替丁、法莫替丁、奧美拉唑、膠體次檸檬酸鉍、甲硝唑、阿莫西林、克拉黴素等多種。一般來說，按照醫生的指示使用藥物可以取得良好的療效。但需要注意的是，相當部分早期胃癌患者的主要症狀是消化不良、燃燒、上腹不適，容易與消化性潰瘍混淆。抗消化性潰瘍藥物可以掩蓋早期胃癌。
據世界衛生組織《藥物信息》報道，西米替丁、法莫替丁、尼扎替丁、雷尼替丁等H2受體拮抗劑治療潰瘍時，可掩蓋胃癌症狀，誤診和治療。近年來出現的作用更強的質子泵抑制劑奧美拉唑、蘭索拉唑可以迅速控制症狀，發揮治療潰瘍的作用。但是，這些藥物掩蓋胃癌症狀的作用更強，胃鏡診斷困難，無法治癒原本希望的胃癌。因此，在應用抗消化性潰瘍藥物之前，注意排除早期胃癌的可能性。
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