1、引起肛腸疾患：便祕時，排便困難，糞便乾燥，可直接引起或加強肛門直腸疾患。如直腸炎、肛裂、痔瘡等。
2、形成糞便潰瘍：較硬的糞塊壓迫腸腔使腸腔狹窄及盆腔周圍結構，阻礙了結腸擴張，使直腸或結腸受壓而形成糞便潰瘍，嚴重者可引起腸穿孔。
3、胃腸神經功能障礙:便祕時糞便積存，有害物質吸收引起胃腸神經功能障礙食慾不振，腹部膨脹，嘎嘎，口苦，肛門排氣多等表現。
4、誘發心腦血管疾病的發作:臨牀上便祕加強腹壓，屏氣排便引起的心腦血管疾病的發作有逐年增加的傾向。如誘發心絞痛，心肌梗塞發作，腦出血，中風猝死等。
5、患結腸癌：可能是因便祕而使腸內致癌物長時間不能排除所致，據資料表明，嚴重便祕者約10%患結腸癌。
