輔助化療也就是手術後的化療，對於臨牀肌層浸潤性膀胱癌患者，根治性膀胱切除術後病理若顯示淋巴結陽性，術前未行新輔助化療者術後可採用輔助化療。膀胱部分切除患者術後病理若顯示淋巴結陽性或切緣陽性，術後亦可採用輔助化療。輔助化療可以推遲疾病進展，預防復發。
膀胱癌的新輔助化療也就是手術前的化療，對於可手術的肌層浸潤性膀胱癌患者，術前可行新輔助化療。新輔助化療的主要目的是控制局部病變，使腫瘤降期，降低手術難度和消除微轉移竈，提高術後遠期生存率。新輔助化療後，患者死亡率可下降12%～14%，5年生存率提高5%～7%，遠處轉移率降低5%。
化療方式多采用膀胱內藥物灌注治療，常用的藥物有絲裂黴素、阿黴素、羥基喜樹鹼及卡介苗等，每週灌注一次，8次爲一個療程。目前認爲卡介苗效果最好，但是發熱、膀胱刺激症狀、出血性膀胱炎等不良反應發生率較高。
