化療雖然抑制腫瘤細胞的分裂，從而有效地治療膀胱癌，但是同樣的我們也要注意，化療還會引起一些列的副作用：
第一，引起局部的炎症。患者在化療之後比較容易患上膀胱炎，一般化療灌注一到兩天有明顯的尿頻尿急的症狀，而且排尿的時候會有尿痛症狀，通過膀胱鏡檢查可以看到患者的膀胱粘膜有廣泛的水腫。
第二，導致尿血的發生。一旦發生病人有尿血的情況，如果是使用卡介苗這種藥物進行灌注的患者，此時就要暫緩灌注治療，否則會有可能造成結核桿菌侵入，甚至會引起敗血症和休克的嚴重後果。
第三，出現全身性副反應。特別是使用卡介苗灌注的膀胱癌患者，有時候會出現發燒、低熱、盜汗等症狀，有些患者甚至出現肌肉痠痛的情況。這是因爲輕度的結核菌感染入侵所致。
