因附睾頭囊腫的出現與附睾炎有關，所以出現附睾頭囊腫時，常會因炎症刺激導致附睾腫大、酸脹，陰囊墜脹、附睾疼痛、鞘膜積液；還會因白細胞升高，突然出現高熱症狀。
1、附睾腫大：附睾頭囊腫發病早期，會有附睾部位腫大、酸脹、陰囊墜脹等不適感。
2、附睾疼痛：附睾頭囊腫合併感染時，局部有明顯疼痛感，有牽拉痛，在站立或行走時疼痛加劇。
3、鞘膜積液：出現附睾頭囊腫時，少數患者會因細菌感染繼發鞘膜積液，附睾會不同程度增大、變硬，輸精管增粗，患處有輕度壓痛感。
4、高熱：附睾頭囊腫並感染時，還會因白細胞升高，突然出現高燒症狀，體溫可高達40℃，常會伴隨渾身無力、肌肉痠痛等不適感。
