浮針療法一般不會有危害，少數情況下會出現局部毛囊炎、鍼灸部位感染或者小血管損傷等副作用。
浮針療法的施針部位位於皮下的淺筋膜層，比傳統的鍼灸深度還要淺，幾乎不會有危害。但如果在進行浮針療法之前並沒有進行徹底的消毒，可能會造成局部毛囊感染，引起毛囊炎，出現局部紅腫、疼痛等症狀。一般不是很嚴重，可在短時間內好轉。該療法需要在皮膚表面扎針，因此局部會有針眼，短時間內不能洗澡，還要避免大量出汗，否則會使針眼被感染，引起局部發紅和疼痛等症狀。
在進行浮針操作時，如果操作不當，可能會碰到小血管，造成小血管損傷，這樣便會引起皮下出血。不過出血量不是很多，用手按壓便能達到止血的目的，後期會出現皮膚淤紫的現象，不過會自行吸收。一般不會損傷到大血管，因爲浮針療法是在皮膚的淺層，而皮下大血管十分少見。
