長期黏液便大便不成形，大多數是因爲結腸炎、直腸炎等引起，患者可根據引起的原因進行治療，具體如下：
結腸炎導致長期黏液便大便不成形，主要是因爲細菌、病毒感染腸胃道，或者是不良生活習慣導致腸壁受到刺激引起腹瀉。結腸炎出現患者可以使用藥物先進行治療，如美沙拉嗪、甲潑尼龍、環丙沙星等藥物。
直腸炎引起患者黏液便大便不成形，這是因爲多種原因導致直腸內壁受到刺激，引起急慢性炎症而出現的症狀。直腸炎出現患者可以使用阿昔洛韋、甲硝唑、潑尼鬆龍、乳桿菌進行調節。如果藥物治療沒有很好的效果，可以選擇病變腸管切除吻合、瘻口修補治療。
除了進行對症治療外，患者還要格外注意飲食，吃辛辣刺激的食物，多吃清淡易消化的食物。
