根據中醫藥專家近年來的研究和比較，認爲中醫藥在病毒感染性病變、功能失調性病變、原因不明或病因病理複雜的病變以及心因性疾病等方面有較爲明顯的治療優勢。具體來說有以下12大類：
1.病毒感染疾病：如流行性感冒、慢性病毒性肝炎等;
2.功能性疾病：如心臟神經官能症、胃神經官能症、腸道激惹綜合徵、習慣性便祕、慢性消化不良、頭暈目眩、疲倦無力、心悸、失眠、健忘、無名發熱等病症;
3.慢性病和老年疾病：如慢性呼吸道疾病、肺氣腫、肺心病、慢性胃炎、慢性結腸炎、慢性腎炎、慢性泌尿系感染、中風後遺症、冠心病、高脂血症、糖尿病、貧血、耳目失聰等病症;
4.原因不明或病因複雜的疾病：如艾滋病、癌症、戒毒的防止復吸、更年期綜合徵、低血壓等。
5.神經精神科疾病：如頭暈、頭痛、失眠健忘、狂躁、憂鬱、神經官能症、面癱等病症。
6.結締組織疾病：如風溼與類風溼性關節炎、系統性紅斑狼瘡等。
7.骨科疾病：如骨折、骨病、骨腫瘤、骨關節畸形、股骨頭壞死等。
8.皮膚科疾病：溼疹、神經性皮炎、脫髮、銀屑病、白癜風等。
9.婦科疾病：如月經不調及經前期、更年期綜合徵、痛經、月經失調、功能性子宮出血、女性不育、陰冷、更年期綜合症、妊娠及產後疾患(如嚴重的妊娠反應、產後無乳、回乳)、乳腺小葉增生等。
10.男科疾病：陽痿、遺精、少精、死精、前列腺炎、男性不育等。
11.兒童疾患：各種病毒感染性疾病(如上感、腮腺炎、病毒性肺炎等)、小兒反覆發作的上呼吸道感染、嬰幼兒腹瀉、小兒厭食及營養不良等。
12.大病初癒和亞健康：對大病初癒後的康復期中出現全身疲乏、頭暈、失眠、沒有食慾、消化不良、盜汗、低熱等不適以及亞健康狀態的調理。
需要說明的是：即使被認定爲是中醫臨牀治療優勢的病種，並非都能達到百分之百的治癒率(西醫也是如此)，有的能夠獲得令人滿意的效果，有的就不一定，尤其是艾滋病和部分惡性腫瘤等疑難疾病無論中醫還是西醫現在都還不能完全治癒，能夠在一定程度上改善臨牀症狀就不錯了。
因此，這裏所說的優勢，是與其它非中醫方式比較相對而言的。還有專家指出，以上雖爲中醫優勢病種，但對有些病種卻只是在疾病的某些治療階段或對疾病某些方面的治療具有優勢。
如中醫對糖尿病的治療，其降糖作用並不佔優勢，但對併發症有很好的療效。中醫對中風的治療主要體現在對中風後遺症的治療，能夠收到較好的療效，但在中風早期的降血壓和快速清除出血等方面則是弱項。
