先天性膽管擴張症的出現，往往都會需要接受手術的治療，但是手術雖然可以控制病情，也會存在很多的後遺症，首先會出現反流性膽管炎，也同樣會出現膽管囊腫穿孔等等，如果在手術的過程中沒有注意起來，也同樣會引起炎症的表現。
在現實的生活中，先天性膽管擴張其實是一種先天性的疾病，由於某一些原因的存在，沒有被及時發現，最終就會出現很多的併發症，一旦呈現出來之後，必須要積極的接受治療，而在目前的醫學上，有不少的人都會選擇手術治療，可是先天性膽管擴張手術後遺症有哪些呢？
一、反流性膽管炎
先天性膽管擴張症患者做手術以後，原先的腸道就會出現明顯的結構變化，因爲它已經把擴張的膽管進行切除，這種情況就會導致患者膽汁流出的通道受到影響，所以可能會導致最常見的反流性膽管炎。因爲膽管下端有一個括約肌，本身具有收縮的效果，可以達到阻止腸道內反流，但是在經過手術之後，那麼就會出現一種異常的症狀。
二、反覆炎症表現
如果在接受手術的過程中並沒有做好完善的消毒措施，很容易會導致術後長期反覆發作反流性膽管炎，這是最主要的手術後併發症，所以首先就應該選擇專業型的醫院。
三、膽管囊腫穿孔
其實先天性膽管擴張症也有輕微有嚴重的區別，如果病情比較嚴重，也需要儘快接受手術治療，但是如果在接受手術過程中並沒有注重力道，很有可能就會造成穿孔。穿孔後可發生瀰漫性腹膜炎，重者可危及生命，所以這種併發症是比較嚴重的，哪怕在接受手術之後也一定要特別關注。
四、膽管炎症
其實在接受手術過程中，有可能會導致膽汁的淤積，此時就會引起炎症表現，常可引起膽管感染、胰腺炎、化膿性膽管炎，如果患者情況比較嚴重，更加可能會導致敗血症的出現，所以接受手術雖然有很好效果，但是也一定要注重於全面的檢查，瞭解自己是否適合接受這種手術。
