對於癲癇性精神障礙患者的治療，不但需要對精神症狀進行治療，還要從積極考哪個最典型發作頻率方面進行努力。治療方法主要包括抗癲癇藥物控制癲癇發作，抗精神病藥物控制精神症狀。
在選擇抗癲癇藥物時，應根據發作的類型、患者病情和特殊的病因進行選藥，以求達到最佳的治療狀態。目前新一代的抗癲癇藥物副作用較少，療效較好，在選藥時應儘量選擇新一代抗癲癇藥物，以免藥物的副作用加重精神障礙。抗癲癇藥物的用藥目標是能夠控制臨牀癲癇發作的最低劑量，也就是在能夠控制癲癇發作的基礎上，藥物的用量應儘可能減少。抗癲癇藥物儘量不要多種藥物聯合治療，這樣可能導致藥物的副作用更大，而加重癲癇性精神障礙。
抗精神障礙的藥物應該應用於癲癇發作已經終止或發作頻率已經減少的癲癇性精神障礙患者，在應用抗精神障礙藥物的同時，應注意與抗癲癇藥物的反應，避免影響到藥物的代謝和排泄。有些抗癲癇藥物能夠使抗精神障礙藥物濃度反射性增高，因此在用藥時應瞭解藥物的相互作用，適當調整劑量。
