亞急性甲狀腺炎一般是通過藥物進行治療，具體包括左甲狀腺素、抗炎鎮痛的藥物、糖皮質類激素。
1.左甲狀腺素：亞急性甲狀腺炎也可能導致甲狀腺功能減退，但甲狀腺功能減退也是暫時的，通常不需要治療，因爲甲狀腺功能減退一般沒有症狀，即使症狀不是很嚴重，而且持續時間相對較短。如果這是明顯的，可以用左甲狀腺素治療，比如左甲狀腺素鈉片、甲狀腺片。
2.抗炎鎮痛的藥物：如果說疼痛比較輕微，發熱的溫度並不是很高，可以暫時不用治療。要是疼痛或者發熱症狀較爲嚴重，可以考慮應用抗炎鎮痛藥來治療，比如布洛芬片、對乙酰氨基酚片等藥物。只要用藥得當，疼痛發熱的症狀一般都能夠得到緩解。
3.糖皮質類激素：如果說應用抗炎鎮痛藥治療2~3天沒有效果，建議及時地應用糖皮質類激素來治療，比如醋酸潑尼鬆片、甲潑尼龍片。這類藥物一般能夠迅速地緩解臨牀症狀，持續用藥1~2周甚或4~8周以後可以考慮將用藥量減少，總體用藥的時間一般是6~8周，不過還是需要根據患者的病情來決定使用的時間。
以上藥物在應用時需要遵循醫生的指導，避免私自用藥。
