藥流孕囊排不出來應在醫生指導下進行二次藥流或服用促子宮收縮的藥物，若三天還未排出孕囊，應進行清宮手術。
藥流時孕囊一般可在八個小時之內排出，若超過八個小時未排出孕囊，應在醫生指導下再次服用藥物進行二次藥流。或服用促子宮收縮藥物，幫助孕囊排出。
孕囊殘留在子宮內會發生壞死，出現腐敗感染的情況，導致子宮內膜受到感染，引發子宮內膜炎。也可能形成稽留流產，造成大出血。因此，若三天後孕囊仍未排出，應儘早進行清宮手術。
