巧克力囊腫會自然消失嗎，有患者詢問“我的巧克力囊腫自己消失了，是不是說明我已經自愈了?”，答案是否定的，臨牀觀察發現，巧克力囊腫發生自然消失的情況十分罕見。那爲什麼會有患者提出這樣的問題呢?
第一種可能是，巧克力囊腫的診斷還不明確。巧克力囊腫診斷的“金標準”是通過腹腔鏡手術，看到囊腫內含有巧克力樣的液體，並在手術剝離囊腫後進行病理診斷，如此才能100確診。一般的B超診斷，只能做一個大概的評估。因此可能存在把一些生理性囊腫(生理性囊腫會隨着月經週期而發生不同的變化，一般3-6個月會自行消退或縮小，達到自愈)誤當成巧克力囊腫的情況。
第二種可能是，患者的巧克力囊腫本身很小(1-2cm)，在無意當中進行了一些治療，比如口服避孕藥。口服避孕藥中含有高效孕激素，可抑制異位內膜的生長，因此，小的巧克力囊腫就可能萎縮掉。
第三種可能是，當囊腔內積血過多、壓力過高(尤其月經前期或剛來月經時)、性生活等原因，可能導致囊腫破裂。有的患者問了，破裂不是會引起腹痛嗎?通常情況是這樣的，但如果裂口比較小，從裂口中流出的囊內液的量還不足以引發急腹症，此時，患者可能感覺不到腹痛，但漏出液會使周圍組織發生粘連。液體流出後囊腫暫時萎縮，隨後裂口自行癒合，造成了“自愈”的假象。但這並不意味着囊腫就此消失，它還會隨着每次月經繼續生長。反覆的破裂、出血和粘連，會給日後的手術治療帶來很多困難，最終，甚至可能導致卵巢需要切除。
