病毒性肺炎是由上呼吸道病毒感染，向下蔓延所致的肺部炎症，2003年流行性的嚴重急性呼吸道綜合徵(SARS)、高致病性禽流感病毒(H5N1)和2009年甲型H1N1流感大流行逐漸使我們認識到病毒在社區獲得性肺炎中的重要性。隨着聚合酶鏈式反應(PCR)、影像學等技術的進一步發展，對病毒性肺炎的診斷以及治療提供了更爲精準的目標。
病因診斷：聚合酶鏈式反應(PCR)佔優
傳統實驗室診斷方法包括對呼吸道標本，如上呼吸道標本鼻咽拭子、抽吸物和下呼吸道標本痰的病毒培養和免疫熒光法抗原檢測，以及急性期和恢復期雙份血清的抗體檢測。儘管檢測技術不斷進步，社區獲得性肺炎病因研究依然面臨一些挑戰。採集急性期及恢復期雙份血清，具有特異性強、重複性好、準確率高等優點，爲臨牀病毒學研究不可或缺的手段。但等待結果耗時，一般用於回顧性診斷。
來自上、下呼吸道的不同標本，如鼻咽抽吸物、灌洗液和鼻咽、鼻和咽部拭子、痰或誘導痰、支氣管吸出物、肺泡灌洗液和組織均可用於社區獲得性肺炎的病因診斷，對於病毒性肺炎，標本類型不同，病毒的檢測結果可能不同。尤其對於兒童，以往研究認爲鼻咽抽吸物最適合用來進行病毒檢測，因爲該標本包含了鼻部和鼻咽部粘膜成分，在呼吸道感染的兒童中，粘膜標本95%可發現呼吸道病毒。但是採集抽吸物的過程令患者非常不舒服，而且需要吸引裝置。
與傳統診斷方法(病毒培養、抗原檢測以及急性期和恢復期雙份血清的抗體檢測)相比，PCR技術使呼吸道病毒感染的檢測敏感性提高了2～5倍。這種技術尤其有利於成年人和老年人病毒性肺炎的病因診斷，因爲這些患者鼻咽部的病毒載量比兒童低。進一步講，一些呼吸道病毒僅僅容易通過PCR方法檢測出。目前，發展了數種多重PCR技術，可同時檢測到 15種不同的病毒，正逐漸成爲呼吸道病毒檢測的標準方法。
臨牀診斷：結合白細胞+影像學
儘管成年人病毒性肺炎發病率在增高，但仍然是以兒童最多見，尤其是2歲以下的兒童。根據英國胸科協會推薦，若兒童體溫高於38.5℃，呼吸頻率大於50次/分，胸部運動減弱提示細菌性肺炎;而喘息、體溫小於38.5℃和顯著胸部運動減弱提示病毒感染。然而，具備細菌性肺炎的典型表現(如突然起病、高熱、寒戰以及胸片提示大葉性肺浸潤等)的患者僅僅爲其中的一部分，部分病毒性肺炎和細菌性肺炎患者的臨牀症狀和體徵變化很大而且相互交叉，因此，僅僅依靠這些提示有時仍難以做出最終判斷。
白細胞計數在病毒性和細菌性肺炎具有的鑑別診斷意義，細菌性肺炎患者白細胞多數升高，而病毒性肺炎患者計數正常或偏低。目前發現降鈣素原(PCT)能幫助診斷細菌性感染並且指導抗感染治療，細菌感染後6～12小時內PCT升高，感染控制後PCT逐漸下降。肺炎患者，PCT濃度大於0.5ug/L支持細菌感染，重複低水平表明細菌性感染可能性小。
美國的胸科協會推薦社區獲得性肺炎的診斷應當建立在胸部影像學基礎上，間質性浸潤通常提示病毒性肺炎，而肺泡性浸潤提示細菌性感染。然而，細菌和病毒單獨感染或混合感染可導致很多不同的影像學改變，這些改變僅在一些特殊的病例中可以幫助確定肺炎的病原體。病毒性肺炎多葉受累報道較多，在沒有任何細菌感染證據的成年人中，胸部CT表現爲樹芽徵、多竈性實質變以及瀰漫性毛玻璃樣浸潤影。
總的來說，儘管任何一個指標單獨使用沒有足夠的敏感性和特異性，但是組合指標在鑑別細菌性肺炎和病毒性肺炎中可能發揮重要作用。
