寶寶眼角長咖啡斑，可能是基因遺傳、結節性硬化病和奧爾布賴特綜合症等原因引起的，應根據病因採取相應措施。
寶寶眼角長了咖啡斑一般認爲與基因遺傳等先天性因素有關，具有一定家族遺傳傾向，若家族中有親屬面部長有咖啡斑，則下一代出現的機率也會較大。若寶寶長出的咖啡斑屬於單發性，則不會發生惡變，也不會產生其它不良影響，一般無需進行特殊處理。
有少部分嬰兒患有結節性硬化病，會累及到皮膚，形成皮膚血管纖維瘤，進而可導致色素脫失，局部皮膚就會長咖啡斑。此時需使用西羅莫司等藥物，且可在長大一些後可選擇合適時機接受液氮冷凍、二氧化碳激光或脈衝激光等物理方法治療，嚴重時可行迷走神經刺激術或整容手術等外科手術。
若嬰兒患有奧爾布賴特綜合症，則會導致皮膚色素沉着和內分泌紊亂，有眼角長咖啡斑的情況。該病沒有特效療法，只能採用激光方法去除咖啡斑。
