是藥三分毒的道理是大衆都知道，同樣決明子泡水喝雖然有着良好的功效和醫用價值，但是如果服用過量或者特殊體質的人服用也是會產生問題的。
首先，作爲具有潤腸道通便祕的作用的決明子，主要含有大黃酚、大黃素等化合物，這些物質如果長期服用反而可引起腸道病變或引起難治性便祕。
再者熟決明子由於其藥性寒涼，有泄瀉和降血壓的作用，使得它不適合脾胃虛寒、脾虛泄瀉體質的人服用。而低血壓等患者也要忌服用。
科學研究表明，在營養完全的食物中加入不同比例的決明子，隨藥物比例增加而使大鼠體重降低，臨牀使用本品口服降血脂，服藥後有9%的病例，初期有腹脹、腹瀉和噁心，但可自行消失，不影響繼續服藥。
性微寒的決明子，服用者體質較爲虛弱或服用過量，可能導致拉肚子、腹瀉等問題，再者胃痛的人飲用此茶也會加重病情。對於慣性便祕和高血壓的人來說決明子茶可以作爲平常茶水飲用，而腸道消化功能疲弱者卻要加以注意不可久服。
還有孕婦和處於經期中的女性不宜服用決明子茶。因爲其有“主渲瀉”的副作用。懷孕女性長期飲用，可能會使子宮內膜不正常，從而誘發早產。
