(1)包莖：正常男子的陰莖皮膚較薄，近陰莖頭部的皮膚向內反折成雙層，覆於陰莖上，稱爲包皮。若包皮口狹小，緊包陰莖頭不能將包皮向上翻轉而顯露陰莖頭時稱爲包莖。小兒出生時包皮與陰莖頭之間存在粘連稱爲先天性包莖。還有一種後天性包莖是繼發於陰莖頭包皮炎，包皮口形成瘢痕性攣縮所致。
(2)隱匿陰莖：是指恥骨部脂肪過多，而附着於陰莖體的陰莖皮膚不足，以致陰莖隱匿於恥骨部的皮膚中。本病可能同時合併陰莖頭型尿道上裂，此時隔着陰莖皮膚可觸及陰莖背側的尿道溝。
(3)陰莖陰囊轉位：又稱陰莖前陰囊。是陰囊長到了陰莖前面，因併發其他嚴重畸形多不能存活，故臨牀罕見。完全性陰囊位移少見，部分陰莖陰囊位移者常伴尿道下裂。
(4)陰莖扭轉：從陰莖的解剖結構可知，陰莖由背側的兩個陰莖海綿體和腹側正中的一個尿道海綿體組成，在發育過程中，若陰莖海綿體發育不對稱時，就發生了陰莖扭轉，其扭轉的程度由陰莖海綿體發育不平衡程度決定。
(5)蹦牀狀陰莖:陰囊從薄皮膚延續到陰莖腹側，陰莖陰囊融合。
(6)重複陰莖:包括分叉陰莖在內，完全重複陰莖和另一個異位陰莖三種情況，分叉陰莖發生率高。重複陰莖可以僅限於陰莖頭或全陰莖體。
(7)無陰莖:患者天生不生陰莖，尿道開在會陰、肛門附近甚至直腸內。本病非常罕見，約200萬新生男孩中有一例。
(8)大陰莖：顧名思義，與同年齡的人比較陰莖過大，稱大陰莖。一般來說，正常成人陰莖7~10釐米，勃起時會加倍。本病多發生於青春期早熟、先天性癡呆症、侏儒症、垂體功能亢進和腎上腺功能亢進者。
(9)小陰莖:正常男性新生兒陰莖長度平均爲3。5~7釐米，小陰莖不足1釐米，進入青春期，男性小陰莖呈兒童型。
(10)先天性陰莖彎曲:陰莖腹側尿道海綿體短，陰莖彎曲腹側。
