正常情況下，成年人沒有產生甲胎蛋白的能力。但細胞發生癌變時，腫瘤細胞可大量分泌甲胎蛋白。一般癌症惡化程度越嚴重，患者血清中甲胎蛋白含量越高。但是，即使患者甲胎蛋白水平正常，也不能徹底排除肝癌的可能性。有近20%的肝癌患者直到喪命，體內也沒有檢測出一定水平的甲胎蛋白。
目前沒有發現任何物質，對某種癌細胞產生單一獨特的反應。用現在的醫學手段，檢查中不能統計所有被測試物質。受測試物質生理活性的限制，多作爲標誌物的特徵性產物，測試中陽性率不足70%。也就是說，即使患者得了比較嚴重的癌症，取樣時也有可能因測試誤差而無法顯示強陽性，無法統計具體的標誌物水平。其中也包括甲胎蛋白。
肝臟代償能力強，對癌症的抵抗能力強。肝癌早中期，癌細胞周圍的肝組織壓力可由其他部分組織承擔。因此，其活性有一定的下降，甲胎蛋白分泌水平達不到理想效果是正常的生理現象。
肝癌也分爲多種類型，其中包括隱藏型肝癌。這種肝癌不僅不能促進身體分泌甲胎蛋白，還不能通過超聲波檢測出其存在，是人類生命安全的重大危險。
從統計學上看，有40%左右的肝癌早期患者，甲胎蛋白分泌水平正常。隨着病情逐漸惡化，其中一些患者開始分泌甲胎蛋白，但一些患者仍然失去分泌這種糖蛋白的能力。肝癌晚期患者的15%左右，甲胎蛋白分泌水平正常。因此，在肝癌檢測過程中，甲胎蛋白水平僅供參考，建議患者根據個人情況完善相關檢測，必要時干預肝核磁共振、肝穿刺檢測，可有效確診肝癌。
