首先，應該選擇不經常用或不作爲全身使用的抗菌藥物，如多粘菌素、桿菌肽、新黴素、莫匹羅星等。
其次，要對症下藥，因爲細菌有很多種類，不同細菌造成感染的表現不一樣，所選用的藥物也就不一樣。
第三，不要長時間、大面積外用抗菌藥物，因爲一是藥物可以經皮膚吸收，產生全身性的毒性作用，如長期外用慶大黴素，吸收後可能產生耳毒性和腎毒性;二是長期、大面積外用可誘發耐藥菌株的出現，以後使用就不再有效了。
常見的有局部刺激作用，用藥局部有燒灼感、刺痛等。其次是過敏反應，外用後局部發生接觸性皮炎，出現境界清楚的皮膚潮紅、丘疹、水皰滲出，自覺瘙癢。
一旦發生過敏反應，應立即停藥，清洗患處。
第三，偶爾可因局部外用後吸收而產生全身性藥物性皮疹。如果在外用藥後全身出現瘙癢性的皮疹，應及時去醫院就診，檢查原因，如果與外用藥有關，亦應及時停藥。此外，在使用外用抗菌藥物前，應認真閱讀說明書。
