判斷嬰兒蛋白質過敏濕疹，可通過觀察臨牀症狀及進行相關檢查進行辨別診斷。
嬰兒因蛋白質過敏導致的濕疹，在不同階段有不同的表現。初發時為對稱性分佈的紅斑，紅斑上會逐漸出現丘疹、丘皰疹及水皰，由於伴有瘙癢感，患兒忍不住抓搔，水皰可因抓搔和摩擦而出現破損，形成滲出性糜爛面，乾涸後便會形成黃色痂。如繼發感染，還會出現膿包和膿痂，並伴有局部淋巴結腫大、發熱等現象。部分皮損表面較為乾燥，小丘疹上會覆蓋灰白色糠批狀脱屑。
判斷嬰兒是否為蛋白質過敏性濕疹，可抽血檢測過敏原，若嗜酸粒細胞增高，説明有過敏症狀。也可進行點刺試驗，可判別特殊或特異的蛋白質過敏。必要時可進行食物迴避激發試驗，如懷疑孩子對某種蛋白質過敏，讓孩子暫時迴避含有這種蛋白質的食物，如症狀明顯好轉，再接觸這種食物時又出現明顯症狀，説明確實是蛋白質過敏所致。
