不僅僅備孕爸爸用藥方面小心，準爸爸們服用藥物也需要考慮到是否對胎兒有影響。在正常情況下，睾丸組織與供應睾丸營養的血液之間有一個防護層，醫學上稱為血睾屏障，這一屏障可以阻止血液中某些物質進入睾丸。但是，不少藥物卻能通過血睾屏障，從而影響睾丸功能，干擾精子的形成，並通過兩種方式影響精卵健康結合。
一是干擾精子的形成。如常見的一些免疫調節劑，像環磷酰胺、氮芥、長春新鹼、順鉑等藥物，其毒性作用強，可直接擾亂精子DNA的合成，包括使遺傳物質成分改變、染色體異常和精子畸形。還有嗎啡、氯丙嗪、紅黴素、利福平、解熱止痛藥、環丙沙星(人工抗菌素)、酮康唑(抗黴菌藥)等。這些藥物，通過干擾雄激素的合成而影響精子受精能力，像男性不孕症、婦女習慣性流產(早期胚胎丟失)，其中部分原因就是男性精子受損的結果。
二是這些藥物通過血睾屏障進入睾丸。它們可隨睾丸產生的精液通過性生活排入陰道，經陰道黏膜吸收後進入血液循環，使低體重兒和畸形胎的發生率增高，而且也會增加圍產期胎兒的死亡率。
另外，還有一些藥物也能進入精液，如滅滴靈、氨苄青黴素、苯丙胺、二苯基海因等，但現在的研究還不十分清楚它們對精子、受精卵以及胎兒有何影響。
此外，影響男性性生活的藥物，也會間接影響優生、優育。下列藥物準爸爸不能隨意使用。
各種性激素類藥物:如雄激素、克羅米芬，可影響人體的內分泌功能，醫生常常用於治療內分泌疾病。但是，這些藥物是雙刃劍，使用得當，有助於生育;使用不當則抑制精子發育。準爸爸應用雌激素、孕激素類藥物時，還可能導致性快感降低，性慾迅速減退甚至消失，從而影響射精功能。
還有，諸如強的鬆、地塞米松等糖皮質激素，如果長期大量應用，也會降低準爸爸的性功能並傷害精子的健康。
利尿藥如，安體舒通有抗雄性激素的作用，若長期使用，會降低性功能並傷害精子。還有，雙氫克尿塞也會降低性功能;速尿(呋塞米、呋喃苯胺酸)和丁尿酸(丁苯氧酸、布美他尼)可誘發低血鉀症，有時還會發生勃起功能障礙，但補充鉀鹽後情況可改觀。
