癲癇的外科治療也不能百分之百的控制癲癇發作，有時也可導致手術失敗，需要二次手術治療。導致癲癇手術失敗的原因很多，如：
(1)顱內病變有時爲致癇竈的一部分或緊鄰致癇竈，由於生理和解剖的限制，致使病變周圍致癇竈切除不徹底，此種情況約佔顱內病變所致癲癇病人術後需再次手術的23%。
(2) 致癇竈範圍廣或致癇竈範圍難以確定，手術難以徹底切除。
(3)繼發性癲癇竈處理不當，致使術後癲癇繼續發作，此種情況約佔所有再次手術患者的20%～62%。
(4)顳葉癲癇的雙重病理改變處理不當，顳葉內側結構切除範圍不夠，殘存杏仁核過大，只切除一側病變等，均可導致癲癇發作。
(5)手術創傷、電生理定位錯誤、臨牀表現定位錯誤、手術方式選擇錯誤、術後抗癲癇藥物應用不當等也可導致癲癇術後發作。
(6)癲癇誘因作用，癲癇術後患者發生頭外傷、過度飲酒、腦炎、高熱、相關藥物作用、驚嚇、過度勞累、遺傳易感因素等，均可導致癲癇術後發作。
(7)手術方式認識錯誤，手術本身就有失敗的可能性，如胼胝體切開術癲癇控制改善只有20%～90%不等；迷走神經刺激術治療癲癇總有效率爲50%～70%。
