如果在懷孕期間存在良性囊腫並伴有出血，椎弓根扭轉，破裂或疑似惡性腫瘤，則在懷孕期間應積極進行手術，以免延誤病情。手術治療最好在懷孕12周以後，並且當囊腫大小超過8釐米進行手術治療，並且在手術後應治療休息和檢測胎兒健康。
對於未懷孕的婦女，卵巢囊腫並不是嚴重的疾病，但是如果已經懷孕的女性在檢查過程中會發現卵巢囊腫，這會使女性感到不知所措，並擔心囊腫會影響胎兒的健康。那麼，懷孕時如果患有卵巢囊腫該怎麼辦？
卵巢囊腫是否影響懷孕取決於其性質，卵巢囊腫惡性實際上是卵巢的惡性腫瘤，患病期間不適合懷孕。如果是卵巢良性囊腫，則囊腫的大小是影響妊娠的主要因素。通常，直徑超過8釐米需要手術治療。卵巢囊腫如果比較大對妊娠的可能影響包括：囊腫扭轉，急性腹部破裂，流產的風險增加，早產，囊腫佔據盆腔，腹腔的空間，影響胎兒的生長，囊腫導致分娩困難。
發現卵巢囊腫後，應有足夠的觀察時間，通常要觀察到妊娠12周，由於妊娠還可以合併黃體囊腫，而黃體囊腫會隨着持續縮小甚至消失。如果在懷孕期間存在良性囊腫並伴有出血，椎弓根扭轉，破裂或疑似惡性腫瘤，則在懷孕期間應積極進行手術，以免延誤病情。
妊娠12周前進行卵巢囊腫手術，由於胎盤在妊娠12周前尚未形成，不能產生足夠的孕激素來維持胚胎髮育，只能由黃體產生的孕激素維持，手術會破壞孕黃體用於促進胚胎存活，引起流產。妊娠12周後，根據囊腫的大小和性質以及孕婦及其家人的意見，決定是否進行手術。對於直徑大於8釐米的囊腫，可以進行手術，並且在手術後應治療休息和檢測胎兒健康。
大多數卵巢囊腫切除術都是通過腹腔鏡手術進行的，對於懷孕的母親，手術創傷小，恢復快，對胎兒的影響小。手術時間的選擇，通常選擇爲懷孕16至20周。因爲胎盤是在懷孕16周後形成的，所以胎盤本身的內分泌功能足以替代卵巢黃體的功能，從而避免了對懷孕的不良影響。
