肝穿刺活體組織檢查是確診脂肪肝、判斷脂肪性肝炎、肝纖維化的唯一方法。通過肝穿刺檢查可以明確脂肪肝的程度、病理類型，是否合併脂肪性肝炎、肝纖維化等問題，同時也是提示脂肪肝原因、預後的方式。特別是判斷肝臟部位的情況究竟是佔位性病變，還是脂肪肝時，仍需通過肝臟穿刺活體組織檢查，來判斷是不是肝臟部位出現了惡性腫瘤。
不過，由於肝穿刺活體組織檢查是有創傷性的檢查，很多人是難以接受的。所以並非所有的脂肪肝患者都必須進行。首先需要確認是否是局竈性脂肪肝、肝部腫瘤，其次是肝部膽固醇酯儲積病、糖原儲積病等少見疾病，然後是無症狀性可疑非酒精性脂肪肝，再次是肥胖者體重減少10%後肝酶學檢查仍持續異常者，隨後是戒酒後血清醛固酮有不能解釋的臨牀、生化異常表現，最後是懷疑有多種病因導致的肝細胞脂肪病變者。
