妊娠前3個月母體患有病毒或細菌感染，風疹病毒、柯薩奇病毒感染可以造成胎兒先天性心臟病。先天性心臟病有一定的家族發病趨勢，與遺傳因素有很大關係，孕期間服用抗癌藥、抗癲癇藥等藥可造成胎兒先天性心臟畸形，避免與發病有關的病因，對預防胎兒先天性心臟畸形具有積極意義。
妊娠前3個月母體患有病毒、細菌、風疹病毒、柯薩奇病毒感染者的胎兒先天性心臟病發病率較高。其他的胎兒因素有：羊膜病變、胎兒受到壓迫、先兆流產、母體營養不良、糖尿病、高血鈣等均可增加胎兒發生先天性心臟病的發生機率。
先天性心臟病具有一定程度的家族發病趨勢，可能因父母生殖細胞、染色體畸變所引起的。研究認爲，多數先天性心臟病由基因與環境因素相互形成。報道顯示，5％心臟病者有染色體異常現象；同一家庭中可有兩個或兩個以上成員患有先天性心臟畸形，說明先天性心臟畸形與遺傳有很大的關係。
例如出生地海拔高度和性別也與胎兒先天性心臟畸形發生有關。引起胎兒先天性心臟畸形的病因尚不特別明確，但是加強孕期的保健，特別是在妊娠早期積極預防風疹、流行性感冒等疾病，避免與發病有關的病因，對預防胎兒先天性心臟畸形具有積極意義。除此之外，如女性在懷孕期間服用抗癌藥、抗癲癇藥以及安眠藥等藥物時，上述因素可妨礙胎兒正常發育，引發胎兒先天性心臟畸形。注意合理膳食，避免缺乏營養，預防胎兒周圍局部機械性壓迫，預防先天性心臟病，應避免與發病有關的因素。
