嬰兒服用益生菌是時間應該飯後半小時到一小時之間，空腹服用可能會影響藥效。
益生菌是可以調節腸道菌羣的有益活菌，有助改善腸道功能，減少腸道內的有害菌，緩解積食、消化不良等問題，促進食物消化和吸收。在飯後半小時到一小時之間服用益生菌，可促進藥物吸收，提高其利率。不過家長不要隨意給嬰兒服用益生菌，具體的用藥劑量以及療程都要遵醫囑。
若在空腹狀態下服用益生菌，可能會影響藥物吸收，削弱藥效。益生菌屬於活菌，在空腹狀態下，胃內沒有任何食物，服用益生菌後胃酸分泌量會增多，將益生菌殺滅，失去了補益作用。飯後因有食物中和胃酸，所以益生菌更易在胃中生存，調理腸胃的效果更好。
