由於母乳中含有大量脂肪，所以吸奶器使用過後容易殘留大量的油脂，不僅容易滋生細菌也影響下次使用。所以吸奶器的消毒方式很多媽媽們也比較關注。
吸奶器的可消毒部件有：喇叭罩、軟管、接乳奶瓶、連接器、防溢出閥，這些配件要求每次使用後都要擦拭，並用熱水清洗，大部分部件也可以放入水中煮沸消毒，但要注意煮沸時間控制在5分鐘內最好，以免變形影響使用。而微波爐消毒和蒸汽消毒不適用於個別部件，不做推薦。
對於吸奶器的消毒，主要部件也可以通過在開水中煮沸消毒。具體部件媽媽們要注意查看說明書，由於吸奶器的使用頻率相對很高，所以無需每次使用後都進行消毒。過度消毒和清洗易造成配件過早老化，縮減吸奶器的使用壽命。所以建議最好的方法是每次使用後用熱水清洗，每天消毒一次即可。
