大部分白塞氏病的患者經過積極的治療以後病情都能夠穩定，但是容易復發。因爲白塞氏病的病因不清楚，多數患者病情長期處於緩解復發交替的狀態，部分患者經過治療以後達到痊癒。
只表現爲口腔潰瘍或皮疹，預後往往更好，可能癒合。表現爲系統疲勞，如眼睛、神經系統、腸道疲勞，如果不治療預後較差，嚴重可能導致失明、腸穿孔甚至死亡，因此需要積極治療。治療越早，效果就越好。
治療白塞氏病一般需要服藥，服藥時間不同，大多數白塞氏病患者需要長期服藥，主要是免疫調節劑或免疫抑制劑，包括口服糖皮質激素、甲氨蝶呤、秋水仙鹼、沙利度胺、硫唑嘌呤、環磷酰胺、環孢素等藥物。然後是抗腫瘤壞死因子拮抗劑。除藥物治療外，還可選擇手術或介入治療，但應以藥物治療爲基礎。
